La création du camp de Septfonds est décidée le 26 février 1939 afin de désengorger les camps du Roussillon ouverts quelques semaines auparavant pour y interner les républicains espagnols.

Les premiers Espagnols arrivent par milliers dès le 5 mars alors que très peu de baraques sont construites. Comme ailleurs, à cette absence de préparatifs s’ajoutent le surpeuplement, la promiscuité et l’absence d’eau potable et de moyens d’hygiène, avec cette spécificité de baraques fermées seulement sur trois côtés. Les épidémies s’y développent comme dans les autres camps, notamment de fièvre typhoïde, et des maladies pulmonaires mortelles frappent ceux qui ont dû dormir à la belle étoile. Le cimetière des Espagnols réfugiés de Septfonds est le seul de ce type en France, restauré en 1978 grâce à un rescapé de Mauthausen. Unique exemple également, un service psychiatrique est créé quelques mois dans le camp par le psychiatre et psychanalyste Francesc Tosquelles.

En 1939, le camp se vide peu à peu du fait, notamment, de l'embauche des républicains espagnols dans l'agriculture ou l'industrie mais également de l'embauche collective dans les Compagnies de travailleurs étrangers (CTE) constituées dans le camp. Certaines CTE sont envoyées au renforcement de la ligne Maginot et nombre de prestataires de CTE seront faits prisonniers par les Allemands lors de l'offensive du printemps 1940. Sélectionnés par la Gestapo dans les stalags, les Espagnols sont déportés dès août 1940 à Mauthausen, camp ouvert dans l'Autriche annexée pour les ennemis irréductibles du Reich.

En 1940, le camp sert à l’entraînement et à la démobilisation de volontaires étrangers, parmi lesquels les républicains espagnols et les réfugiés antinazis allemands, autrichiens ou polonais - souvent juifs- sont les plus nombreux. Les volontaires survivants de la campagne de France seront souvent maintenus dans les Groupement de travailleurs étrangers créés en septembre 1940 par le gouvernement de Vichy ; plusieurs GTE sont cantonnés à Septfonds et dans des localités voisines.

De 1941 à l'été 1944, le camp est divisée en deux parties : l'une, dévolue aux GTE, dépend du ministère de la Production industrielle et du Travail et l'autre, relevant du ministère de l'Intérieur, sert à l’internement d’étrangers « en surnombre dans l’économie nationale » et à des Français suspectés d’activités contraires au régime.

A l'été 1942, le camp devient le lieu de transfert pour Drancy de près de 300 Juifs étrangers, hommes, femmes et enfants,raflés dans les départements du Tarn-et-Garonne et du Lot. Très rapidement après leur transfert en zone occupée, ces derniers sont déportés à Auschwitz et très peu survivront. Comme dans nombre d’autres camps français de cette période, sauf les camps disciplinaires, une vie culturelle tente de s’organiser malgré la précarité et l’omniprésence de la maladie et de la mort. Résister à l’adversité, retrouver sa dignité en sont les moteurs principaux. L’espace public septfontois reste durablement marqué par des peintres espagnols, à la mairie et à l’église, dont les œuvres sont classées à l’inventaire des Monuments historiques. Quant aux intellectuels et artistes venus d’Allemagne, d’Autriche ou de Pologne - parmi lesquels beaucoup de Juifs - leur activité est aujourd’hui mieux connue, notamment cette étonnante Université populaire créée au printemps 1942 au sein du GTE n° 302 dit Groupement « palestinien ». Après la libération du camp par la Résistance le 19 août 1944, le camp de Judes est ensuite utilisé pour y rassembler quelque 500 hommes et femmes accusés de "collaboration avec l'ennemi ou d'activités antinationales".

En mai 1945, les 133 derniers prisonniers sont transférés à Noé et le camp de Judes est rapidement démantelé.

Le 10 juillet 1945, les archives du camp produites depuis 1939 sont très officiellement brûlées. Un procès-verbal en bonne et due forme émanant du directeur du "Centre d'internement de Septfonds" en atteste.