Période de Résistance
De 1940 à 1944 (camp de Saint-Cyprien, Gurs, Rivesaltes, Grenoble, Toulouse, Paris)

Participation à d’autres réseaux : Armée Juive (AJ), MJS (Mouvement de la jeunesse sioniste)

En août 1940, le jeune rabbin René Samuel Kapel apprend que 7 500 Juifs allemands et autrichiens sont internés au camp de Saint-Cyprien. Il s'y rend et fait un rapport aux responsables du rabbinat de Lyon sur l'état désastreux des internés.
Avec Joseph Weill, de l'OSE (Oeuvre de secours aux enfants), il leur apporte de l'aide (nourriture, couvertures). 
René Kapel organise un parrainage des internés par les familles juives de Toulouse.
Avec les rabbins Hirschler et Schilli, René Kapel explique à la direction du rabbinat que leur aide doit être dirigée vers tous les Juifs, pas seulement vers les fidèles de la synagogue. Les jeunes rabbins (âgés de trente ans environ) agiront de même.

Entre novembre 1940 et juillet 1942, suite à différentes discussions et tractations avec les autorités du camp de Gurs, Kapel et Hirschler parviennent à faire libérer 2 000 internés. René Kapel fait évader environ 1 000 personnes. À cette date, il est déjà membre de l'Armée Juive (AJ) et recrute des futurs combattants parmi ceux auxquels il apporte son aide. Prévenus à temps des déportations du mois d'août 1942 des camps de Gurs, de Noé et du Récébédou, René Kapel et René Hirschler s'organisent afin que les enfants ne partent pas par ces convois. Ils réussirent à les faire sortir et à les cacher chez des particuliers ou dans des institutions.

Le 31 janvier 1943, René Kapel est prévenu de son arrestation imminente.
Il part pour Grenoble, où il continue son action sociale et cultuelle. René Kapel est membre du comité directeur du MJS (Mouvement de la jeunesse sioniste) dans le cadre du g’doud (groupe) MJS (Mouvement de la jeunesse sioniste) de Grenoble ; il prend une part très active à toutes ses activités. Avec les chefs de l'Armée Juive (AJ), il part pour Paris, où un agent – Charles Porel – qui se fait passer pour membre de l'Intelligence Service doit les conduire jusqu'à Londres. En fait, c'est un agent de l'Abwehr, Karl Rehbein.
Les chefs de l'Armée Juive (AJ) sont arrêtés, interrogés et torturés par la Gestapo de la rue de la Pompe. René Kapel est interné à Fresnes.

Le 17 août 1944, il est déporté vers Buchenwald avec les autres membres de l'Armée Juive (AJ) dans le convoi des 51 otages. Comme une grande partie du groupe de leur wagon, il saute du train le 21 août.

Son évasion réussie, René Kapel reviendra à Paris le 25 août 1944 dans la capitale libérée.

Chevalier de la Légion d'honneur, médaille de la Résistance, médaille d'or de la ville de Toulouse