André Chouraqui est né le 11 août 1917 à Ain Témouchent, en Algérie.
Son père, Isaac Chouraqui, viticulteur et négociant en céréales, président de la Communauté israélite, chevalier de la Légion d'Honneur, était le descendant d’une famille de rabbins, dont le plus notoire, Saadia fils d'Elie Chouraqui (1604-1704) a laissé une œuvre de mathématicien, d'exégète, de poète.
Sa mère, Mele'ha Meyer, est la fille d'Abraham Meyer, également né d'une famille originaire d'Andalousie, probablement arrivée au Maghreb à la suite des premières expulsions en 1392. Elle aide sa mère, Esther Mouchnino, à élever ses huit enfants. Elle-même en aura dix.

Il passe son enfance en Algérie, avant de partir faire ses études à la Faculté de Droit de Paris, rue Soufflot, et réside à la Cité universitaire (Pavillon agronomique) de 1934 à 1938.
En 1937, il est licencié en Droit, Lauréat de la ville de Paris (Prix du Droit civil décerné par la Ville de Paris).
De 1937 à 1939, il mène en parallèle des études d’hébreu et d’araméen à l’école rabbinique et à la Sorbonne et à l'École des Hautes Études.

En novembre 1939, il rencontre Colette Boyer, chez Yvonne Boyer, sa soeur, à Paris. Ils partagent les mêmes passions : la musique et la bible. Ils s'aiment et vivent ensemble à partir du 19 février 1940. 

Revenu en France en mai 1940, il doit fuir Paris un mois plus tard, emmenant Colette sur son vélo. Il connaît les bombardements allemands à Orléans, repart pour l'Algérie où il sinscrit au barreau d'Oran et commence un stage chez un bâtonnier.

Colette Boyer, enceinte, la rejoint en Algérie. Elle se convertit au judaïsme le 10 décembre 1940 et choisir pour nom hébraïque Sarah bat-Abraham. André Chouraqui la présente à sa mère le 12 décembre 1940 et ils se marient devant le rabbin Rouche et le Dr Cixous le 23 décembre 1940 à Alger.

Leur fille Emmanuèle naît à Miliana (Algérie) le 26 mai 1941, mais la petite fille malade d'une gastro-entérite aiguë meurt dans les bras de son père le 26 août 1941.

A la suite de la législation antijuive, de l'abrogation du décret Crémieux et avant même la promulgation par Vichy du Statut des Juifs , le 20 octobre 1941, excluant les juifs de la plupart des professions, André prend les devants en démissionnant, en juin 1941, tandis que ses parents sont ruinés.

La santé de Colette se détériore. Elle rentre en France pour soigner sa tuberculose dans un sanatorium de Haute-Savoie, tandis qu'André rejoint l'École rabbinique repliée à Chamalières, près de Clermont-Ferrand où il entame sa quatrième année d'étude.

Le 20 juin 1942, une nouvelle loi discriminatoire frappe les juifs de France ; en juillet, c'est la rafle et la déportation des juifs et des Alsaciens de l'Université de Strasbourg repliée à Clermont-Ferrand et le 8 juillet 1942 les Juifs sont expulsés de la ville... L'École rabbinique est démantelée et décimée.

André Chouraqui, en compagnie de Colette, trouve alors refuge dans les montagnes de la Haute-Loire, à Chaumargeais, où ils sont aidés par Eugénie* et Albert Roux* et par le Dr Paul Héritier* met une maison à leur disposition.

André Chouraqui prend contact avec les réseaux naissants de la Résistance et devient le représentant de l'OSE (Œuvre de secours aux enfants juifs, entrée dans la clandestinité) en Haute-Loire et en Ardèche.
Pendant plus de deux ans, il sillonne les villages pour cacher des enfants et procurer des faux papiers aux réfugiés menacés de déportation. Il constate la solidarité agissante des pasteurs et des villages protestants à l'heure où la France fait la chasse aux juifs. Ses protecteurs du Chambon fournissent un poste d'enseignant et une pension amie à son maître Georges Vajda, qui s'établit ainsi à quelques kilomètres des Chouraqui.
Dans la clandestinité, il rencontre l'historien Jules Isaac.
Avec Albert Camus, également réfugié, ils jetaient les fondements de leurs œuvres réciproques.
Près de la demeure qu'il occupe dans le village, Jacob Gordin dirige "l'école des prophètes", noyau de la future école des cadres d’Orsay. où quelques intellectuels juifs pensent à ce que seront les lendemains de la guerre.

Après la guerre, il retourne à Alger où il achève ses études de droit et est nommé juge de paix, à Michelet (en Kabylie, dans le Haut-Atlas), il y passe son diplôme supérieur de droit musulman, puis à Bou Saada, où il découvre notamment les mœurs des tribus arabes nomadisantes des Oulad Naïls.

Et puis Colette est à nouveau malade, convalescente en Normandie. André décide de quitter la magistrature, de rentrer en France, de chercher une nouvelle carrière.
Il regagne la France en 1947, où il est engagé par René Cassin en tant que secrétaire général adjoint de l’Alliance Israélite Universelle, poste qu'il occupera jusqu'en 1952.
C’est dans ce cadre qu’il effectue des voyages et des conférences dans plus de quatre-vingt pays, tout en se consacrant à son œuvre d’écrivain et de traducteur.

Colette s'éloigne de lui pour revenir à sa foi chrétienne, réintègre l'église catholique et se retire dans la communauté des Petites Sœurs de Jésus. Pendant plus de quarante ans, jusqu'à sa mort en 1981, elle continuera de correspondre avec André.